МЕГАГРАНТЫ

Лаборатория лесной геномики

О лаборатории

Наименование проекта Геномные исследования основных бореальных лесообразующих хвойных видов и их наиболее опасных патогенов в Российской Федерации

Ссылка на официальный сайт

Наименование ВУЗа: федеральное государственное автономное образовательное учреждение высшего образования "Сибирский федеральный университет"

Области научных исследований: Биотехнологии

Основная цель проекта - создание новой, конкурентоспособной, современной, динамичной и хорошо оснащённой Лаборатории лесной геномики, интегрированной как в научную, так и в образовательную инфраструктуру Сибирского федерального университета, способной проводить современные научные исследования, в том числе, заявленного в рамках проекта полногеномного секвенирования, сравнительного анализа и аннотирования геномов основных лесообразующих пород Российской Федерации – лиственницы сибирской (Larix sibirica Ledeb.), сосны обыкновенной (Pinus sylvestris L.) и сосны кедровой сибирской (Pinus sibirica, Du Tour.) и их наиболее опасных патогенов, в первую очередь, грибов, входящих в комплексы Armillaria mellea s.l. и Heterobasidion annosum s.l., которые вызывают катастрофическое усыхание российских бореальных лесов, усугубляемое установленным снижением количества осадков и одновременным ростом температуры приземного слоя воздуха в физиологически важные для древесных растений периоды, участившимися в последние два десятилетия и, вероятно, связанные с глобальным изменением климата.

Кроме того, данный проект позволит получить важную информацию и разработать высокоинформативные молекулярно-генетические маркёры, которые могут быть эффективно использованы для определения происхождения древесины, изучения и мониторинга генетической изменчивости хвойных лесов, их адаптации к изменению климата и для создания селекционных и природоохранных программ. Эти же задачи были заявлены как наиболее приоритетные для лесного хозяйства в Комплексной программе развития биотехнологий в Российской Федерации на период до 2020 года, утверждённой Правительством Российской Федерации 24 апреля 2012 г.

Основные задачи:

Создание Лаборатории лесной геномики, интегрированной как в научную, так и в образовательную инфраструктуру Сибирского федерального университета, способной проводить современные научные исследования в области лесной генетики, геномики, биотехнологии и биоинформатики.
Полногеномное секвенирование лиственницы, сосны и кедра в сотрудничестве с геномными и биоинформатическими центрами США и России, а также учреждениями Российской академии наук (РАН) для обнаружения генов, связанных с качеством древесины, скоростью роста, адаптацией к вредителям, болезням и неблагоприятным воздействиям среды (путём сравнительного анализа полученных нуклеотидных последовательностей с нуклеотидной последовательностью уже изученных генов в других организмах) и для разработки молекулярно-генетических маркёров с целью решения задач:

а) мониторинга генетической изменчивости в популяциях хвойных с помощью высоко-изменчивых маркёров;

б) идентификации происхождения древесины (с помощью популяционно-специфичных маркёров);

в) геномной селекции на высокое качество древесины, скорость роста, прирост биомассы, устойчивость к вредителям, болезням и другие важные селекционные признаки.

Полногеномное секвенирование высоко- и слабопатогенных грибов (в первую очередь Heterobasidion annosum s. l., Armillaria mellea s. l., Phellinus sulphurascens Pilat.) в сотрудничестве с Институтом леса СО РАН для решения задач:

а) обнаружения генов, вызывающих различия в патогенности с помощью сравнительного геномного анализа высоко- и низкопатогенных штаммов;

б) разработки молекулярно-генетических маркёров, позволяющих различать высоко- и слабопатогенные таксоны грибов и осуществлять, таким образом, генетический мониторинг патогенности в популяциях;

в) исследование популяционно-генетической структуры данных фитопатогенных грибов и их взаимодействия между собой и с хозяином;

г) выделение гиповирулентных штаммов патогенных грибов для повышения конкурентоспособности в экологической нише (конкурирующий биологический контроль).

 

Ведущий учёный

krutovsky ФИО: Крутовский Константин Валерьевич

 

Ученые степень и звание:
профессор, кандидат биологических наук


Занимаемая должность:
ведущий научный сотрудник Института общей генетики им. Н.И. Вавилова Российской Академии Наук, нayчный pyководитeль Научно-образовательного центра геномных исследований Сибирского федерального университета, профессор Техасского агро-механического университета (США) и Гёттингенского университета (Германия), координатор рабочей группы 2.02.00 «Генетические ресурсы и селекция хвойных» Международного Союза Лесных Исследовательских Организаций.


Области научных интересов:
Лесная геномика, популяционная геномика, эволюционная, природоохранная и экологическая генетика, лесная селекция, генетическая экспертиза происхождения древесины.


Научное признание:
Награды молодого учёного Института общей генетики им. Н. И. Вавилова РАН в 1983, 1986, 1988 и 1990 гг.; медаль ВДНХ СССР за достижения в лесной генетике и селекции в 1987 г.; персональный научный грант Фонда им. А. фон Гумбольдта (Бонн, Германия) в 1992 г.; благодарственная грамота от международной научной организации Биоверсити Инт. (Рим, Италия) в 2007 г. за большой вклад в образование и подготовку специалистов в области лесного биоразнообразия; награда министерства сельского хозяйства США в 2011 г. в категории «За помощь в развитии устойчивого с.-х. производства и биотехнологии и укреплении продовольственной безопасности».


Krutovsky, K.V., I.N. Tretyakova, N.V. Oreshkova, M.E. Pak, O.V. Kvitko, and E.A. Vaganov, 2014 Somaclonal variation of haploid in vitro tissue culture obtained from Siberian larch (Larix sibirica Ledeb.) megagametophytes for whole genome de novo sequencing. In Vitro Cellular and Developmental Biology – Plant 50 http://link.springer.com/article/10.1007/s11627-014-9619-z
Koralewski, T.E., Brooks, J.E. and K.V. Krutovsky, 2014 Molecular evolution of drought tolerance and wood strength related candidate genes in loblolly pine (Pinus taeda L.). Silvae Genetica 63(1-2): 59-66.
Chhatre, V., T. Byram, D.B. Neale, J.L. Wegrzyn, and K.V. Krutovsky, 2013 Genetic structure and association mapping of adaptive and selective traits in the East Texas loblolly pine (Pinus taeda L.) breeding populations. Tree Genetics and Genomes 9(5): 1161-1178.
Krutovsky, K.V., J. Burczyk, I. Chybicki, R. Finkeldey, T. Pyhäjärvi, J.J. Robledo-Arnuncio, 2012 Gene flow, spatial structure, local adaptation and assisted migration in trees, pp. 71-116, Ch. 4 in Genomics of Tree Crops, edited by R.J. Schnell and P.M. Priyadarshan. Springer Science, Inc.
Koralewski, T.E., and K. V. Krutovsky, 2011 Evolution of exon-intronstructure and alternative splicing. PLoS One 6(3): e18055.doi:10.1371/journal.pone.0018055.
Echt, C.S., S. Saha, K.V. Krutovsky, K. Wimalanathan, J.E. Erpelding, C.Liang and C.D. Nelson, 2011 An annotated genetic map of loblolly pine based on microsatellite and cDNA markers. BMC Genetics 2011,12:17doi:10.1186/1471-2156-12-17 (http://www.biomedcentral.com/1471-2156/12/17/abstract)
Ritland, K., K. Krutovsky, Y. Tsumura, B. Pelgas, N. Isabel and J. Bousquet, 2011 Genetic mapping in conifers, pp. 196-238, Ch. 5 in Genetics, Genomics and Breeding of Conifers, edited by C. Plomion, J. Bousquet and C. Kole. CRC Press, Science Publishers, Inc., Enfield, New Hampshire.
González-Martínez, S.C., S. Dillon, P.H. Garnier-Géré, K.V. Krutovsky, R. Alía, C. Burgarella, A.J. Eckert, M.R. Garcia, D. Grivet, M. Heuertz, J.P. Jaramillo-Correa, M. Lascoux, D.B. Neale, O. Savolainen, Y. Tsumura and G.G. Vendramin, 2011 Patterns of nucleotide diversity and association mapping, pp. 239-275, Ch. 6 in Genetics, Genomics and Breeding of Conifers, edited by C. Plomion, J. Bousquet and C. Kole. CRC Press, Science Publishers, Inc., Enfield, New Hampshire.
Tarakanov, V.V., K.V. Krutovsky, J. Turok, 2010 Problems of Forest Genetic Resources Conservation in Siberia considering global climate change and increasing antropogenic effects. Contemporary Problems of Ecology 3(6): 707-714.
Krutovsky, K.V., J.B. St.Clair, R. Saich, V.D. Hipkins and D.B. Neale, 2009 Estimation of population structure in coastal Douglas-fir [Pseudotsuga menziesii (Mirb.) Franco var. menziesii] using allozyme and microsatellite markers. Tree Genetics and Genomes 5(4): 641-658.
Eckert, A.J., A.D. Bower, J.L. Wegrzyn, B. Pande, K.D. Jermstad, K.V. Krutovsky, J.B. St. Clair and D.B. Neale, 2009 Association genetics of coastal Douglas-fir (Pseudotsuga menziesii var. menziesii, Pinaceae). I. Cold-hardiness related traits. Genetics 182: 1289-1302.
Eckert, A.J., J.L. Wegrzyn, B. Pande, K.D. Jermstad, J.M. Lee, J.D. Liechty, B.R. Tearse, K.V. Krutovsky and D.B. Neale, 2009 Multilocus patterns of nucleotide diversity and divergence reveal positive selection at candidate genes related to cold-hardiness in coastal Douglas-fir (Pseudotsuga menziesii var. menziesii). Genetics 183: 289-298.
Carlson, J. E., A. Traore, H. A. Agrama and K. V. Krutovsky, 2007 Douglas-fir, pp. 199-210, Ch. 7 in Genome Mapping and Molecular Breeding in Plants, Forest Trees Vol. 7, edited by C. Kole. Springer, Berlin, Heidelberg, New York, Tokyo.
Krutovsky, K. V., C. G. Elsik, M. Matvienko, A. Kozik and D. B. Neale, 2006 Conserved Ortholog Sets in forest trees. Tree Genetics and Genomes 3(1): 61-70.
Krutovsky, K. V. 2006 From Population Genetics to Population Genomics of Forest Trees: Integrated Population Genomics Approach. Russian Journal of Genetics 42(10): 1088-1100. (Springer, Download)
Jermstad, K. D., L. A. Sheppard, B. B. Kinloch, A. Delfino-Mix, E. S. Ersoz, K. V. Krutovsky and D. B. Neale, 2006 Isolation of a conserved full-length CC-NBS-LRR resistance gene candidate from sugar pine. Tree Genetics and Genomes 2(2): 76-85.
González-Martínez, S. C., K. V. Krutovsky and D. B. Neale, 2006 Forest tree population genomics and adaptive evolution. New Phytologist 170(2): 227-238.
Krutovsky, K. V., and D. B. Neale, 2005 Nucleotide diversity and linkage disequilibrium in cold-hardiness and wood quality-related candidate genes in Douglas-fir. Genetics 171(4): 2029-2041.
Wheeler, N. C., K. D. Jermstad, K. V. Krutovsky, S. N. Aitken, G. T. Howe, J. Krakowski and D. B. Neale, 2005 Mapping of quantitative trait loci controlling adaptive traits in coastal Douglas-Fir. IV. Cold-hardiness QTL verification and candidate gene mapping. Molecular Breeding 15: 145-156.
Krutovsky, K. V., and D. B. Neale, 2005 Forest genomics and new molecular genetic approaches to measuring and conserving adaptive genetic diversity in forest trees, pp. 369-390 in Conservation and Management of Forest Genetic Resources in Europe, edited by Th. Geburek and J. Turok. Arbora Publishers, Zvolen.
Krutovsky, K. V., M. Troggio, G. R. Brown, K. D. Jermstad and D. B. Neale, 2004 Comparative mapping in the Pinaceae. Genetics 168(1): 447-461.
Neale, D. B., and K. V. Krutovsky, 2004 Comparative Genetic Mapping in Trees: The Group of Conifers, pp. 267-277 in Biotechnology in Agriculture and Forestry: Molecular Marker Systems, edited by H. Lörz and G. Wenzel. Springer-Verlag, Berlin, Heidelberg.
Schnabel, A., and K. V. Krutovskii, 2004 Conservation genetics and evolutionary history of Gleditsia caspica: inferences from allozyme diversity in populations from Azerbaijan. Conservation Genetics 5(2): 195-204.
Slavov, G. T., G. T. Howe, I. Yakovlev, K. J. Edwards, K. V. Krutovskii, G. A. Tuskan, J. E. Carlson, S. H. Strauss and W. T. Adams, 2004 Highly variable SSR markers in Douglas-fir: Mendelian inheritance and map locations. Theor. Appl. Genet. 108: 873-880.
Ledig, F. T., P. D. Hodgskiss, K. V. Krutovskii, D. B. Neale and T. Eguiluz-Piedra, 2004 Relationships among the spruces (Picea, Pinaceae) of Southwestern North America. Systematic Botany 29(2): 275-295.
Krutovskii, K. V. and D. B. Neale, 2001 Forest Genomics for Conserving Adaptive Genetic Diversity. Forest Genetic Resources Working Papers, Working Paper FGR/3. Forest Resources Development Service, Forest Resources Division. FAO, Rome (Download).
Krutovskii, K. V., and D. B. Neale, 2001 Forest genomics for conserving adaptive genetic diversity. Forest Genetic Resources 29: 7-9.

Результаты исследований

  1. Semerikov V. L., S. A. Semerikova, Y. A. Putintseva, N. V. Oreshkova, K. V. Krutovsky, 2019 Mitochondrial DNA in Siberian conifers indicates multiple post-glacial colonization centers. Canadian Journal of Forest Research (accepted)
  2. Krutovsky, K. V., Y. A. Putintseva, N. V. Oreshkova, E. I. Bondar, V. V. Sharov, D. A. Kuzmin, 2019 Postgenomic technologies in practical forestry: development of genome-wide markers for timber origin identification and other applications. Forest Engineering Journal (accepted) (http://lestehjournal.ru/)
  3. Oreshkova, N. V., E. I. Bondar, Yu. A. Putintseva, V. V. Sharov, D. A. Kuzmin, K. V. Krutovsky, 2019 Development of nuclear microsatellite markers with long (tri-, tetra-, penta-and hexanucleotide) motives for three larch species based on the de novo whole genome sequencing of Siberian larch (Larix sibirica Ledeb.). Russian Journal of Genetics 55(4): 444-450
  4. Pettenkofer, T.A., K. Burkardt, C. Ammer, T. Vor, R. Finkeldey, M. Müller, K. V. Krutovsky, B. Vornam, L. Leinemann, O. Gailing, 2019 Genetic diversity and diferentiation of introduced red oak (Quercus rubra) in Germany in comparison with reference native North American populations. European Journal of Forest Research Published online: 06 February 2019 https://doi.org/10.1007/s10342-019-01167-5
  5. Semizer-Cuming, D., K. V. Krutovsky, Y. N. Baranchikov, E. D. Kjӕr, C. G. Williams, 2019 Saving the world’s ash forests calls for international cooperation now. Nature Ecology and Evolution 3(2): 141–144 https://www.nature.com/articles/s41559-018-0761-6
  6. Bondar, E. I., Y. A. Putintseva, N. V. Oreshkova, K. V. Krutovsky, 2019 Siberian larch (Larix sibirica Ledeb.) chloroplast genome and development of polymorphic chloroplast markers. BMC Bioinformatics 20(Suppl. 1): 38 https://doi.org/10.1186/s12859-018-2571-x
  7. Kuzmin, D. A., S. I. Feranchuk, V. V. Sharov, A. N. Cybin, S. V. Makolov, Y. A. Putintseva, N. V. Oreshkova, K. V. Krutovsky, 2019 Stepwise large genome assembly approach: a case of Siberian larch (Larix sibirica Ledeb.). BMC Bioinformatics 20(Suppl. 1): 37 https://doi.org/10.1186/s12859-018-2570-y
  8. Kryvokhyzha, M. V., K. V. Krutovsky, N. M. Rashydova, 2018 Expression of flowering genes in Arabidopsis thaliana under acute and chronic irradiation. International Journal of Radiation Biology https://doi.org/10.1080/09553002.2019.1562251
  9. Breidenbach, N., O. Gailing, K. V. Krutovsky, 2019 Development of novel polymorphic nuclear and chloroplast microsatellite markers in coast redwood (Sequoia sempervirens). Plant Genetic Resources https://doi.org/10.1017/S147926211800045X Published online: 04 December 2018
  10. Caré, O., M. Müller, B. Vornam, A. M. Höltken, K. Kahlert, K. V. Krutovsky, O. Gailing, L. Leinemann, 2018 Hight morphological differentiation in crown architecture is weakly reflected in the population genetic structure of German Norway spruce stands. Forests 9(12): 752 doi: 10.3390/f9120752 https://www.mdpi.com/1999-4907/9/12/752/htm
  11. Shestibratov, K. A., O. Yu. Baranov, N. M. Subbotina, V. G. Lebedev, S. V. Panteleev, K. V. Krutovsky, V. E. Padutov, 2018 Early detection and identification of the main fungal pathogens for resistance evaluation of new genotypes of forest trees. Forests 9(12): 732; https://doi.org/10.3390/f9120732
  12. Lu, M., C. M. Seeve, C. A. Loopstra, K. V. Krutovsky, 2018 Exploring the genetic basis of gene transcript abundance and metabolite level in loblolly pine (Pinus taeda L.) using association mapping and network construction. BMC Genetics 19:100 https://doi.org/10.1186/s12863-018-0687-7
  13. Cuervo-Alarcon, L., M. Arend, M. Müller, C. Sperisen, R. Finkeldey, K. V. Krutovsky, 2018 Genetic variation and signatures of natural selection in populations of European beech (Fagus sylvatica L.) along precipitation gradients. Tree Genetics & Genomes 14:84 https://doi.org/10.1007/s11295-018-1297-2
  14. Simonov, E., A. Lisachov, N. Oreshkova, K. V. Krutovsky, 2018 The mitogenome of Elaphe bimaculata (Reptilia: Colubridae) has never been published: a case with the complete mitochondrial genome of E. dione. Acta Herpetologica (published online) doi: 10.13128/Acta_Herpetol-23394
  15. Müller, M., L. Cuervo-Alarcon, O. Gailing, Rajendra K.C., M. S. Chhetri, S. Seifert, M. Arend, K. V. Krutovsky, R. Finkeldey, 2018 Genetic variation of European beech populations and their progeny from northeast Germany to southwest Switzerland. Forests 9(8): 469. doi:10.3390/f9080469. https://doi.org/10.3390/f9080469
  16. Liu, C. L. C., O. Kuchma, K. V. Krutovsky, 2018 Mixed cropping versus monocultures in plantation forestry: development, benefits, ecosystem services and perspectives for the future. Global Ecology and Conservation 15: e00419. doi: 10.1016/j.gecco.2018.e00419. https://doi.org/10.1016/j.gecco.2018.e00419
  17. Nawaz, M. A., K. V. Krutovsky, M. Müller, O. Gailing, A. A. Khan, A. Buerkert, M. Wiehle, 2018 Morphological and genetic diversity of sea buckthorn (Hippophae rhamnoides L.) in the Karakoram Mountains of Northern Pakistan. Diversity 10(3): 76; https://doi.org/10.3390/d10030076
  18. Kornienko, I.V., T.G. Faleeva, N.V. Oreshkova, S.E. Grigoriev, L.V. Grigoreva, E.P. Simonov, Yu.A. Putintseva, K.V. Krutovsky, 2018 Structural and functional organization and heteroplasmy of the D-loop control region in the completely sequenced mitochondrial genome of the woolly mammoth (Mammuthus primigenius) from Maly Lyakhovsky Island in Laptev Sea. Mitochondrial DNA Part B. Resources 3(2): 596-598 http://dx.doi.org/10.1080/23802359.2018.1473721
  19. Pavlov, I. N., Y. A Litovka, T. V. Ryazanova, N. A. Chuprova, Y. A. Putintseva, K. V. Krutovsky, 2018 Pathogenic and wood-destroying properties of Porodaedalea niemela M. Fischer in the open woodlands of Larix gmelinii in the permafrost area. Journal of Siberian Federal University. Biology 11(1): 30-48 DOI: 10.17516/1997-1389-0039 http://elib.sfu-kras.ru/bitstream/2311/70290/8/03_Pavlov_15_05.pdf
  20. Semerikov, V.L., S.A. Semerikova, Y.A. Putintseva, V. V. Tarakanov, I. V. Tikhonova, A. I. Vidyakin, N.V. Oreshkova, and K.V. Krutovsky, 2018 Colonization history of Scots pine in Eastern Europe and North Asia based on mitochondrial DNA variation. Tree Genetics and Genomes 14:8 https://doi.org/10.1007/s11295-017-1222-0
  21. Ali, H. B. M., A. Abubakari, M. Wiehle, K. V. Krutovsky, 2018 Gene-specific sex-linked genetic markers in date palm (Phoenix dactylifera L.). Genetic Resources and Crop Evolution 65(1): 1-10 https://doi.org/10.1007/s10722-017-0564-7
  22. Moskalev, A. А., A. V. Kudryavtseva, A. S. Grafodatsky, V. R. Beklemisheva, N. A. Serdyukova, K. V. Krutovsky, V. V. Sharov, I. V. Kulakovsky, A. S. Lando, A. S. Kasianov, A. V. Snezhkina1, D. A. Kuzmin, Y. A. Putintseva, S. I. Feranchuk, M. V. Shaposhnikov, V. Fraifeld1, M. Toren, V. V. Sitnik, 2017 De novo assembling and primary analysis of genome and transcriptome of gray whale Eschrichtius robustus. BMC Evolutionary Biology 17(Suppl 2):258; doi:10.1186/s12862-017-1103-z https://bmcevolbiol.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12862-017-1103-z
  23. Johnson, J.S., P. Chhetri, K. V. Krutovsky, and D. M. Cairns, 2017 Growth and its relationship to individual genetic diversity of mountain hemlock (Tsuga mertensiana) at alpine treeline in Alaska: combining dendrochronology and genomics. Forests 8(11): 418; doi:10.3390/f8110418; http://www.mdpi.com/1999-4907/8/11/418
  24. Oreshkova, N. V., Yu. A. Putintseva, V. V. Sharov, D. A. Kuzmin, and K. V. Krutovsky, 2017 Development of microsatellite genetic markers in Siberian larch (Larix sibirica Ledeb.) based on the de novo whole genome sequencing. Russian Journal of Genetics 53(11): 1194–1199; doi: 10.1134/S1022795417110096; https://doi.org/10.1134/S1022795417110096
  25. Abdulai, I., K. V. Krutovsky, R. Finkeldey, 2017 Morphological and genetic diversity of Shea tree (Vitellaria paradoxa) in the Savannah regions of Ghana. Genetic Resources and Crop Evolution 64(6):1253–1268; doi: 10.1007/s10722-016-0434-8; https://link.springer.com/article/10.1007/s10722-016-0434-8
  26. Lu, M., K. V. Krutovsky, C.D. Nelson, J. B. West, N. A. Reilly, and C. A. Loopstra, 2017 Association genetics of growth and adaptive traits in loblolly pine (Pinus taeda L.) using whole exome-discovered polymorphisms. Tree Genetics and Genomes 13(3): 57; doi: 10.1007/s11295-017-1140-1; http://link.springer.com/article/10.1007/s11295-017-1140-1
  27. Johnson, J.S., K. D. Gaddis, D. M. Cairns, K. Konganti, and K. V. Krutovsky, 2017 Landscape genomic insights into the historic migration of mountain hemlock in response to Holocene climate change. American Journal of Botany 104(3): 439-450; doi: 10.3732/ajb.1600262; http://www.amjbot.org/content/104/3/439.short
  28. Johnson, J.S., K. D. Gaddis, D. M. Cairns, and K. V. Krutovsky, 2017 Seed dispersal at alpine treeline: an assessment of seed movement within the alpine treeline ecotone. Ecosphere 8(1):e01649; doi: 10.1002/ecs2.1649; http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/ecs2.1649/full
  29. Lu, M., K. V. Krutovsky, C.D. Nelson, T. E. Koralewski, T. D. Byram, and C. A. Loopstra, 2016 Exome genotyping, linkage disequilibrium and population structure in loblolly pine (Pinus taeda L.). BMC Genomics 17:730; doi: 10.1186/s12864-016-3081-8; http://rdcu.be/nmd3, http://www.biomedcentral.com/content/pdf/s12864-016-3081-8.pdf
  30. Belokon, M. M., D. V. Politov, E. A. Mudrik, T. A. Polyakova, A. V. Shatokhina, Yu. S. Belokon, N. V. Oreshkova, Yu. A. Putintseva, V. V. Sharov, D. A. Kuzmin, and K. V. Krutovsky, 2016 Development of Microsatellite Genetic Markers in Siberian Stone Pine (Pinus sibirica Du Tour) Based on the De Novo Whole Genome Sequencing. Russian Journal of Genetics 52(12): 1263–1271; doi: 10.1134/S1022795416120036, https://link.springer.com/content/pdf/10.1134%2FS1022795416120036.pdf)
  31. Johnson, J.S., K. D. Gaddis, D. M. Cairns, C. W. Lafon, and K. V. Krutovsky, 2016 Plant responses to global change: Next generation biogeography. Physical Geography 37(2): 93–119; doi: 10.1080/02723646.2016.1162597; https://doi.org/10.1080/02723646.2016.1162597
  32. Sadovsky, M. G., Y. A. Putintseva, V. V. Birukov, S. Novikova, and K. V. Krutovsky, 2016 De novo assembly and cluster analysis of Siberian larch transcriptome and genome. Lecture Notes in Computer Science 9656: 455-464; doi: 10.1007/978-3-319-31744-1_41, https://link.springer.com/chapter/10.1007/978-3-319-31744-1_41
  33. Babushkina, E. A., E. A. Vaganov, A. M. Grachev, N. V. Oreshkova, L. V. Belokopytova, T. V. Kostyakova , and K. V. Krutovsky, 2016 The effect of individual genetic heterozygosity on general homeostasis, heterosis and resilience in Siberian larch (Larix sibirica Ledeb.) using dendrochronology and microsatellite loci genotyping. Dendrochronologia 38: 26-37; https://doi.org/10.1016/j.dendro.2016.02.005
  34. Sadovsky, M. G., V. V. Birukov, Y. A. Putintseva, N. V. Oreshkova, E. A. Vaganov, and K. V. Krutovsky, 2015 Symmetry of Siberian larch transcriptome. Journal of Siberian Federal University. Biology 8(3): 278-286; doi: 10.17516/1997-1389-2015-8-3-278-286 (http://elib.sfu-kras.ru/bitstream/handle/2311/19898/02_Sadovsky.pdf)
  35. Sadovsky, M. G., E. I. Bondar, Y. A. Putintseva, N. V. Oreshkova, E. A. Vaganov, and K. V. Krutovsky, 2015 Seven-cluster structure of chloroplast genome. Journal of Siberian Federal University. Biology 8(3): 268-277; doi: 10.17516/1997-1389-2015-8-3-268-277 (http://elib.sfu-kras.ru/bitstream/handle/2311/19897/01_Sadovsky.pdf)
  36. Semerikov, V.L., Y.A. Putintseva, N.V. Oreshkova, S.A. Semerikova, and K.V. Krutovsky, 2015 Development of new mitochondrial DNA markers in Scots pine (Pinus sylvestris L.) for population and phylogeographic studies. Russian Journal of Genetics 51(12): 1199–1203; https://doi.org/10.1134/S1022795415120108
  37. Krutovsky, K. V., 2014 Prospects for genomic research in forestry. Siberian Journal of Forest Science 1(4): 11-15.
  38. Shilkina, Е. А., N. V. Oreshkova, А. А. Ibe, K. O. Deich, and K. V. Krutovsky, 2014 Development of cytoplasmatic SSR-markers in Pinus sibirica Du Tour for population genetic studies. Siberian Journal of Forest Science 1(4): 21-24.
  39. Krutovsky, K. V., N. V. Oreshkova, Yu. A. Putintseva, А. А. Ibe, K. O. Deich, and Е. А. Shilkina, 2014 Preliminary results of de novo whole genome sequencing of Siberian larch (Larix sibirica Ledeb.) and Siberian stone pine (Pinus sibirica Du Tour.). Siberian Journal of Forest Science 1(4): 79-83.
  40. Krutovsky, K. V., I. N. Tretyakova, N. V. Oreshkova, M. E. Pak, O. V. Kvitko, and E. A. Vaganov, 2014 Somaclonal variation of haploid in vitro tissue culture obtained from Siberian larch (Larix sibirica Ledeb.) megagametophytes for whole genome de novo sequencing. In Vitro Cellular and Developmental Biology – Plant 50(5): 655-664.

Back to top